2004 წლიდან საქართველოს ეროვნული მუზეუმი თანამშრომლობს სხვადასხვა სამეცნიერო და საგანმანათლებლო ინსტიტუციასთნ, მსოფლიოს წამყვან მუზეუმებთან და სამეცნიერო დაწესებულებებთან, საერთაშორისო ორგანიზაციებთან, კერძო კომპანიებთან და საქართველოში აკრედიტირებულ დიპლომატიურ მისიებთან. აღნიშნული თანამშრმლობის შედეგია მრავალფეროვანი გამოფენები, საგანმანათლებლო პროგრამები, საჯარო ლექციები და საინტერესო პუბლიკაციები.